La commission consultative paritaire est présidée par le directeur de l'administration générale et de la modernisation des services.
En cas d'empêchement, il peut se faire remplacer par le représentant de l'administration, membre de la commission, le plus ancien dans le grade ou l'emploi le plus élevé.
La commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur, qui doit être soumis à l'approbation du ministre chargé du travail et de l'emploi.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration, qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.