Les contrôles administratifs et les contrôles sur place sont réalisés conformément au règlement (UE) n° 65/2011 de la Commission du 27 janvier 2011. Ils sont effectués, dans le cadre de leurs attributions respectives, par le préfet de département et par l'Agence de services et de paiement, organisme payeur agréé au titre des dépenses relevant du règlement de développement rural conformément à l'arrêté du 30 mars 2010 portant agrément de l'Agence de services et de paiement.
En complément du contrôle administratif sur pièces, des visites sur place peuvent être réalisées avant paiement en vue de vérifier la réalité et la conformité du projet in situ chez le bénéficiaire. Les visites sur place sont effectuées par la DDT(M).