L'instruction des demandes d'aide est effectuée sous l'autorité du préfet de département. Les directions départementales des territoires (DDT) et les directions départementales des territoires et de la mer (DDTM) constituent les guichets uniques du présent dispositif.
L'Agence de services et de paiement (ASP), organisme payeur agréé au titre des dépenses relevant du règlement de développement rural est responsable du paiement de la partie FEADER.