Le conseil du comité national élit en son sein, au scrutin secret, le président et les vice-présidents du comité national.
Le président et les vice-présidents sont nommés par arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine.
Il peut être mis fin au mandat du président et des vice-présidents sur proposition du conseil statuant à la majorité de 75 % de ses membres.
En cas de vacance de la présidence du comité, les pouvoirs du président sont exercés par le premier vice-président ou à défaut par les suivants jusqu'à l'élection d'un nouveau président, qui intervient à la réunion du conseil qui suit immédiatement la constatation de la vacance.