Dans chaque ministère, un dispositif de contrôle et d'audit internes, adapté aux missions et à la structure des services et visant à assurer la maîtrise des risques liés à la gestion des politiques publiques dont ces services ont la charge, est mis en œuvre.
Le contrôle interne est l'ensemble des dispositifs formalisés et permanents décidés par chaque ministre, mis en œuvre par les responsables de tous les niveaux, sous la coordination du secrétaire général du département ministériel, qui visent à maîtriser les risques liés à la réalisation des objectifs de chaque ministère.
Pour le ministère de la défense, le contrôle interne est mis en œuvre sous l'autorité du chef d'état-major des armées, du délégué général pour l'armement et du secrétaire général pour l'administration dans leurs domaines de compétences respectifs.
L'audit interne est une activité exercée de manière indépendante et objective qui donne à chaque ministre une assurance sur le degré de maîtrise de ses opérations et lui apporte ses conseils pour l'améliorer. L'audit interne s'assure ainsi que les dispositifs de contrôle interne sont efficaces.