Le versement de la subvention intervient par prélèvement sur le Fonds national pour l'archéologie préventive, sur justification par l'aménageur de la réalisation de l'opération de fouille archéologique.
Sur demande de l'aménageur, une avance, qui ne peut dépasser 30 % du montant prévisionnel alloué, peut être versée lors du commencement d'exécution.
Des acomptes peuvent être versés au fur et à mesure de la réalisation de l'opération de fouilles.
Le montant cumulé de l'avance et des acomptes ne peut excéder 80 % du montant prévisionnel de la subvention.
Le solde est versé après remise du rapport final d'opération sur production par l'aménageur de l'attestation ou du certificat prévus à l'article R. 523-59 et de la facture qu'il a acquittée établissant le coût réel de la fouille.