L'ordre du jour des séances de chaque commission scientifique est arrêté par le président et adressé aux membres de la commission un mois au moins avant chaque réunion. Pour les commissions régionales ou interrégionales, il est en outre adressé au directeur général des patrimoines.
Les commissions scientifiques se prononcent à bulletin secret, à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le président peut appeler à participer aux séances, sans voix délibérative, tout expert scientifique dont il juge la présence utile, notamment les chefs des services et les conseillers de la direction régionale des affaires culturelles.
Les procès-verbaux des séances des commissions régionales ou interrégionales sont transmis, dans le mois suivant, au directeur général des patrimoines et, le cas échéant, au responsable chargé des musées au ministère chargé de la recherche.