Le président de l'Institut national de recherches archéologiques préventives préside le conseil d'administration ainsi que le conseil scientifique de l'établissement. Il convoque les deux conseils et fixe l'ordre du jour de leurs réunions.
Il anime et coordonne la réflexion conduisant à la définition de la politique générale de l'établissement et de ses relations avec les autres institutions scientifiques régionales, nationales et internationales. Il veille à l'accomplissement par celui-ci de ses missions.
Sur la base des travaux du conseil scientifique, il présente au conseil d'administration le programme scientifique de l'établissement et son programme de coopération, notamment avec les collectivités territoriales et les établissements publics de recherche ou d'enseignement supérieur.