Les modalités de fonctionnement de la commission de suivi des programmes nationaux de prévention des infections associées aux soins dans les établissements de santé et dans le secteur de soins de ville sont précisées dans un règlement intérieur adopté par l'ensemble des membres de la commission de suivi et validé par le directeur général de l'offre de soins.
Un rapport d'activité annuel est élaboré. Il est transmis au ministre chargé de la santé.