En cas d'inobservation par l'organisme titulaire des missions annexées à son agrément, des obligations mentionnées à l'article 10 du règlement (CE) n° 304/2008 susvisé et des obligations de déclaration établies aux articles 13, 14 et au troisième alinéa de l'article R. 521-61 du code de l'environnement, le ministre chargé de l'environnement peut le mettre en demeure de satisfaire à ses obligations dans un délai qui ne saurait être inférieur à deux mois.
A défaut pour le titulaire de s'être conformé à ses obligations dans le délai imparti, le ministre chargé de l'environnement peut décider du retrait de l'agrément.
La proposition de retrait d'agrément est portée à la connaissance de l'organisme, qui dispose d'un délai d'un mois à compter de sa réception pour présenter ses observations.
Lorsque l'organisme fait l'objet d'une mesure de retrait, il en informe les entreprises qui ont déposé un dossier de demande de certificat et celles à qui il a délivré un certificat, et les invite à s'adresser à un autre organisme agréé. Ces entreprises lui communiquent l'identité du nouvel organisme dans le délai d'un mois afin que leur dossier lui soit transmis.