La scolarité des élèves commissaires, d'une durée de deux ans, est organisée en deux cycles de formation de deux semestres chacun, qui comportent :
1° Une formation de l'officier, qui donne aux élèves commissaires la connaissance globale de leur milieu professionnel et la maîtrise des disciplines indispensables à l'état d'officier, en particulier en matière de commandement et d'exercice de l'autorité. Elle comprend la formation militaire et sportive et la maîtrise du milieu maritime ;
2° Une formation d'administrateur garantissant l'expertise nécessaire à la maîtrise du soutien et du fonctionnement administratif, financier, juridique et logistique des formations administratives du ministère de la défense. La connaissance des organisations internationales et de leur fonctionnement, particulièrement de l'Union européenne et de l'Organisation du traité de l'Atlantique Nord, y fait en outre l'objet d'un enseignement visant à familiariser les élèves commissaires avec ces structures ;
3° Une formation au métier de marin, notamment à travers la formation au quart en passerelle de navigation et d'aviation, et à la sécurité à bord d'un bâtiment.
Les élèves commissaires bénéficient, au cours de la scolarité, d'une formation commune aux commissaires des trois armées.