L'observatoire est doté d'un conseil d'orientation, d'un conseil scientifique et d'un secrétariat permanent.
I. ― Le conseil d'orientation adopte un programme de travail annuel d'enquêtes, d'exploitation statistique et d'études destinées, d'une part, à évaluer l'impact de la politique de la ville conduite par les ministères participant au comité interministériel des villes et par les opérateurs placés sous leur tutelle et, d'autre part, à observer les territoires de la politique de la ville, leurs habitants et les politiques qui y sont conduites afin d'en analyser les évolutions.
Sur rapport du conseil scientifique, il valide les conclusions des études.
Il transmet chaque année au ministre chargé de la politique de la ville un rapport sur la situation et l'évolution des quartiers de la politique de la ville.
Il est informé des autres études conduites par le ministre chargé de la politique de la ville et par les opérateurs placés sous sa tutelle.
Les études du comité d'évaluation et de suivi de l'Agence nationale pour la rénovation urbaine s'intègrent au programme annuel de l'Observatoire national des zones urbaines sensibles.
II. ― Le conseil scientifique s'assure de la qualité scientifique des études produites et transmet un rapport, sur chacune d'elles, au conseil d'orientation. Il examine et rend un avis sur les cahiers des charges des enquêtes, exploitations statistiques et études inscrites au programme annuel de travail et garantit, par un suivi régulier, la qualité des travaux sur un plan méthodologique.
Il donne un avis sur l'adaptation des indicateurs de la politique de la ville mentionnés à l'annexe 1 de la loi du 1er août 2003 susvisée.
Il donne un avis sur le projet de programme annuel de travail préparé par le secrétariat permanent.
III. ― Le secrétariat permanent est assuré par le secrétariat général du comité interministériel des villes. Une convention conclue entre ce dernier et les opérateurs placés sous la tutelle du ministre chargé de la politique de la ville définit les conditions dans lesquelles ceux-ci sont associés au fonctionnement du secrétariat permanent.
Le secrétariat permanent prépare les réunions du conseil d'orientation et du conseil scientifique ainsi que le programme de travail annuel de l'observatoire. Il anime et coordonne la mise en œuvre de ce programme, et rend compte au conseil scientifique de l'avancement des travaux.
Il prépare, pour le compte du conseil d'orientation, le rapport annuel de l'observatoire. Il s'assure de l'édition des publications de l'observatoire.