Le conseil scientifique examine l'ensemble des activités scientifiques menées par l'institut dans ses divers domaines d'intervention, y compris celles qui sont développées contractuellement avec des organismes publics ou privés.
Il se prononce notamment :
― sur l'intérêt stratégique des programmes de recherche à venir, ainsi que sur l'adéquation des moyens techniques et en personnel qui leur sont affectés ;
― sur l'évaluation des programmes de recherche en cours ou achevés, ainsi que sur les résultats obtenus ;
― sur la création éventuelle d'unités mixtes de recherche ;
― sur la nomination des membres des commissions spécialisées à l'article 1er ;
― et, le cas échéant, sur les questions d'éthique ou de déontologie scientifique que lui soumet le directeur général de l'institut.
Le conseil scientifique adresse un rapport annuel au conseil d'administration.