Le secrétaire général assiste les ministres pour le pilotage et la coordination de l'organisation du système de santé et de prise en charge médico-sociale, en exerçant les attributions qui lui sont assignées, au titre du pilotage national des agences régionales de santé, par les articles D. 1433-1 et D. 1433-8 du code de la santé publique pour veiller notamment à la cohérence de la mise en œuvre territoriale des politiques publiques sanitaires et sociales.
Il coordonne, à cet effet, l'action des services et des établissements concernés de l'Etat ainsi que leurs relations avec l'assurance maladie en matière de politique de santé, d'organisation et de régulation du système de santé et de prise en charge médico-sociale.