Le secrétaire général anime et coordonne l'action de l'ensemble des directions et services des ministères et participe au pilotage des établissements qui en relèvent. A ce titre, il préside les comités des directeurs.
En liaison avec les directions et services compétents, il participe aux réflexions stratégiques sur les missions, l'organisation et les activités des ministères et de leurs établissements.
Il propose et conduit, en lien avec les services et directions concernés, la mise en œuvre des actions de modernisation. Il est notamment chargé de mettre en œuvre, pour les ministères chargés des affaires sociales, les politiques interministérielles de réforme de l'Etat. Il préside le comité stratégique de maîtrise des risques.
Le secrétaire général élabore, en concertation avec les directions et services, les principes généraux de gestion des ressources humaines, de développement, de valorisation et de diversification des compétences. Il peut présider, en qualité de représentant des ministres, les instances représentatives du personnel. Il est chargé de la politique et du suivi de l'encadrement supérieur.
Le secrétaire général contribue à la définition des orientations stratégiques en matière d'évaluation de la performance et du contrôle de gestion dans l'ensemble des services centraux et territoriaux ainsi que dans les agences et établissements relevant des ministères sociaux.
Il a également la responsabilité des missions de défense et de sécurité des ministères définies par les articles R. 1143-1 à R. 1143-8 du code de la défense.