L'instance d'accréditation instruit la demande d'accréditation. Elle peut solliciter tous renseignements complémentaires de l'organisme demandeur. Elle peut demander à effectuer des vérifications dans les locaux de l'organisme demandeur.
A l'issue de l'instruction, l'instance d'accréditation prend une décision motivée qu'elle notifie à l'organisme demandeur et dont elle adresse copie à l'Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information. Lorsqu'elle accorde l'accréditation, l'instance d'accréditation peut soumettre l'organisme bénéficiaire à des obligations particulières.