Le préfet de Mayotte est ordonnateur des dépenses du fonds financées par des crédits inscrits au budget de l'Etat. Les subventions sont attribuées dans la limite des crédits ouverts à ce titre en loi de finances initiale.
Ces crédits sont versés dans le cadre d'une convention signée entre le préfet et le bénéficiaire des fonds. Cette convention définit notamment l'objet, le montant et les conditions d'utilisation de la subvention attribuée.
Le préfet rend compte au ministre chargé de l'outre-mer et au ministre chargé du budget des modalités d'utilisation du fonds et établit chaque année un rapport de réalisation et de suivi des résultats des projets subventionnés qui leur est transmis.