Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président, qui arrête l'ordre du jour sur proposition du directeur de l'agence.
Il est également convoqué par son président, à la demande soit du ministre de l'intérieur, du ministre chargé des transports, du ministre de la justice, du ministre chargé du budget ou de la majorité des membres, sur un ordre du jour déterminé.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de dix jours. Il délibère alors valablement sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et par le secrétaire de séance. Le procès-verbal est adressé sans délai au ministre exerçant la tutelle de l'établissement.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour ouvrent droit à remboursement dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux agents de l'Etat.