Le paiement de l'aide est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation, dont la composition est fixée par circulaire du ministre de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l'aménagement du territoire, comprenant notamment le certificat de radiation émis par les services des douanes. Ce certificat est délivré sur présentation d'une attestation de destruction ou d'innavigabilité, conforme à la note de service DPMA/SDPM/N2008-9628 du 16 octobre 2008 susvisée, délivrée par les centres de sécurité de la navigation des directions interrégionales de la mer et sous réserve de la levée des hypothèques enregistrées auprès du conservateur des hypothèques.
Dans le cas de production d'une attestation d'innavigabilité, la destruction complète du navire devra intervenir dans un délai d'un an à compter de la date d'établissement de l'attestation, sous peine de remboursement de l'aide à la sortie de flotte. Il ne pourra être procédé à aucune cession à l'Etat d'un navire ayant fait l'objet d'une attestation d'innavigabilité.
Dans le cas d'une cession à l'Etat conformément à l'article 5 du présent arrêté, le certificat de radiation et l'attestation de destruction ou d'innavigabilité seront remplacés par les pièces suivantes :
― acte de vente à titre gracieux du navire à l'Etat français ;
― certificat de non-inscription hypothécaire établi par la recette régionale des douanes ;
― attestation de changement de statut du navire ;
― certificat de service fait établi par le directeur interrégional de la mer Méditerranée ou son représentant au vu des trois pièces précédentes.