Le conseil scientifique comprend au maximum vingt et un membres.
Il est composé, outre le directeur de l'école :
1° De deux représentants de l'Etat désignés respectivement par le ministre chargé de la recherche et le ministre des affaires étrangères ;
2° Des secrétaires perpétuels des académies de l'Institut de France intervenant dans les domaines d'activités de l'école, ou leurs représentants, et d'autres membres de l'Institut de France, désignés par le chancelier de l'institut ;
3° D'au moins quatre autres personnalités scientifiques, françaises et étrangères, choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école, désignées par le directeur de l'école ;
4° D'au moins trois représentants d'institutions partenaires choisies par le directeur de l'école après avis des autres membres du conseil scientifique, dont une au moins exerçant principalement ses activités dans le pays où l'école a son siège ;
5° Du directeur des études ou, le cas échéant, d'un représentant élu des directeurs des études ;
6° D'au maximum quatre représentants élus des autres enseignants-chercheurs ou personnels assimilés en application de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
7° D'un représentant élu des membres scientifiques au sens de l'article 19 non enseignants-chercheurs.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités mentionnées aux 3° et 4° dans les conditions définies par le règlement intérieur pour un mandat de trois ans renouvelable une fois.