Le président du conseil d'orientation de l'Observatoire des missions et des métiers est nommé par décision du secrétaire général du ministère.
Le conseil d'orientation est composé des directeurs d'administration centrale, de deux représentants du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux, d'un représentant du Réseau d'appui aux personnes et aux structures (RAPS), d'un directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, d'un directeur départemental des territoires, d'un directeur départemental de la protection des populations, désignés sur proposition de leurs groupements respectifs. Le conseil d'orientation associe également des représentants des établissements publics sous tutelle du ministère, notamment des établissements publics locaux d'enseignement et de formation professionnelle aux métiers de l'agriculture, de la forêt, de la nature et des territoires et des établissements d'enseignement supérieur agricole public.
Les membres du conseil d'orientation autres que les directeurs d'administration centrale sont nommés par décision du secrétaire général du ministère, pour une durée de cinq ans. Ils peuvent se faire représenter.