La décision de confier une mission est prise par le ministre, par le secrétaire général du ministère ou par le directeur intéressé. Elle fait l'objet d'un acte écrit qui précise l'objet de la mission, fixe le coefficient de modulation et indique si l'indemnité sera versée mensuellement ou aura un caractère forfaitaire.
Dans le premier cas, il ne peut être payé plus de douze mensualités pour une même mission.
A l'issue de la mission, le secrétaire général du ministère atteste de l'exécution de la tâche confiée.