Le conseil de fonctionnement propose le règlement intérieur du lycée et de l'exploitation au conseil d'administration, il examine toutes les questions qui lui sont soumises par son président ou par le conseil d'administration. Il est obligatoirement saisi des questions qui relèvent de l'autonomie pédagogique et éducative.
Il élabore l'avant-projet pédagogique en y associant les équipes pédagogiques. Celles-ci ont pour mission de favoriser la concertation entre les enseignants, en particulier en ce qui concerne la coordination des enseignements, le choix des méthodes pédagogiques, des matériels techniques, des manuels et des supports pédagogiques, le suivi et l'évaluation des élèves, l'organisation du travail des élèves, les relations avec les familles.
Le conseil de fonctionnement peut saisir le directeur du lycée des diverses questions intéressant la vie de la communauté, et notamment de celles relatives à la discipline générale, à la sécurité et à l'hygiène.
Le conseil de fonctionnement crée toutes commissions nécessaires à la vie intérieure de l'établissement, et notamment une commission de la pédagogie et de la vie scolaire et une commission de l'exploitation annexée.