Le conseil de fonctionnement de l'Etablissement public national de Wallis et Futuna, prévu à l'article 4 du décret du 30 décembre 2010 susvisé, est présidé par le directeur du lycée agricole ou son représentant. Il comprend, en outre :
1° Un représentant élu des élèves ;
2° Un représentant élu des parents d'élèves ;
3° Deux représentants élus des personnels enseignants, d'éducation et de surveillance ;
4° Un représentant élu des personnels administratifs et de service ou assimilés ;
5° Un maître de stage ;
6° Le responsable de l'exploitation agricole ;
7° Un représentant des salariés des exploitations et des groupements professionnels agricoles ;
8° Un représentant du village de Lavegahau.
Le directeur adjoint, l'agent chargé de la conduite des travaux et de l'exploitation, le gestionnaire, le conseiller d'éducation participent à titre consultatif aux séances lorsqu'ils ne sont pas eux-mêmes élus à un autre titre. Le président peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, toute personne dont le concours paraît utile.
Les représentants de la collectivité territoriale sont tenus informés des réunions du conseil fonctionnement.