Les représentants de l'assemblée territoriale et de la chambre de commerce et d'agriculture sont désignés en leur sein par chaque assemblée délibérante. Il est procédé à une nouvelle désignation à la suite de chaque renouvellement partiel ou total de chaque assemblée délibérante.
Le représentant des organisations professionnelles des professions concernées par les missions de l'établissement public national est nommé par arrêté du préfet, administrateur supérieur des îles Wallis et Futuna, sur proposition des organisations représentatives au plan territorial.