Pour l'accomplissement de ses missions, ce service est constitué de quatre unités se répartissant comme suit :
― une unité éducative de milieu ouvert, dénommée « Besançon 1 », sise 44, rue de Belfort, 25000 Besançon ;
― une unité éducative de milieu ouvert, dénommée « Besançon 2 », sise 44, rue de Belfort, 25000 Besançon ;
― une unité éducative de milieu ouvert, dénommée « Jura », sise 160, rue Georges-Trouillot, 39000 Lons-le-Saunier ;
― une unité éducative de milieu ouvert, dénommée « Haute-Saône », sise 7, cours François-Villon, 70000 Vesoul.