L'agent comptable rédige un compte rendu annuel de l'application du plan de contrôle visant à évaluer son efficacité et son incidence. Le cas échéant, cette évaluation peut donner lieu à des modifications ou des ajustements du plan de contrôle qui sont à nouveau soumis à l'agrément du ministre chargé du budget.
L'agent comptable informe l'ordonnateur des anomalies relevant de ses services, détectées lors de la mise en œuvre du plan de contrôle. Cette information donne lieu à la mise en place de mesures correctives.