Le plan de contrôle établi par l'agent comptable sur la base d'une analyse de risque est adapté aux caractéristiques de chaque type d'aide. Il fixe les modalités précises des contrôles de l'agent comptable et les critères de sélection des dépenses qui seront contrôlées.
Le plan de contrôle peut prévoir un système global applicable à l'ensemble des aides payées par FranceAgriMer et l'ODEADOM ou décliné pour chaque catégorie de dépenses d'intervention.
L'analyse de risque prend notamment en compte le risque lié à l'historique du créancier et le caractère récurrent ou non de la dépense. Elle doit également tenir compte des procédés informatiques mis en place au sein des établissements, éventuellement de l'intervention des services de l'agence comptable en amont de la chaîne informatique et de la fiabilité de cette dernière.
Les modalités de constitution de l'échantillon prennent en compte :
― le montant par dossier ;
― les contrôles préalablement exercés, dans la chaîne d'instruction des dossiers, par les services déconcentrés de l'Etat, les services ordonnateurs ou les corps de contrôle externe ;
― des critères géographiques ;
― des critères liés à la nature juridique des bénéficiaires ;
― un système de sélection aléatoire ;
― et tout autre critère que l'agent comptable estimera de nature à garantir la représentativité de l'échantillon.