Le conseil d'administration est assisté d'un conseil scientifique, composé de dix-sept personnalités désignées dans les conditions suivantes :
― le président du conseil scientifique est nommé par le conseil d'administration sur proposition du directeur général du Groupe. Il ne peut exercer d'autres fonctions dans l'établissement ;
― douze personnalités qualifiées sont nommées par arrêté du ministre chargé de l'économie, en raison de leur compétence en matière de recherche dans les disciplines de l'école, dont une sur proposition du directeur général de l'INSEE ;
― quatre représentants des enseignants et chercheurs du Groupe, dont la moitié au titre des professeurs des universités, sont élus selon des modalités fixées par le règlement général du Groupe.
Le conseil scientifique donne des avis au conseil d'administration sur les grandes priorités de la politique de recherche et de formation du Groupe, sur la répartition des crédits de recherche du Groupe et sur le recrutement d'enseignants-chercheurs aux postes de responsable d'unité d'enseignement et de recherche, de responsable des études et de responsable de laboratoire de recherche.
Sans préjudice des missions de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur définies par l'article L. 114-3-1 du code de la recherche, le conseil scientifique évalue régulièrement les travaux réalisés au sein des unités de recherche du Groupe et en rend compte au conseil d'administration.
Il peut être consulté par le conseil d'administration ou le directeur général du Groupe sur toute question relative à l'action du Groupe en matière de recherche et d'enseignement.
Lorsque le conseil scientifique rend un avis sur l'évaluation de la qualité de la recherche menée au sein du Groupe et de ses entités et sur le recrutement d'enseignants-chercheurs aux postes de responsable d'unité d'enseignement et de recherche, de responsable des études et de responsable de laboratoire de recherche, les membres du conseil scientifique représentant les enseignants et les chercheurs n'ont pas voix délibérative.
Le président du conseil scientifique peut inviter à assister à ses séances toute personne dont il juge la présence nécessaire.