Par dérogation aux dispositions du décret du 3 mai 1961 susvisé et du décret du 28 février 2005 susvisé, les attributions dévolues au service de l'aviation civile de Saint-Pierre-et-Miquelon sont exercées par la direction des services de la navigation aérienne, service à compétence nationale de la direction générale de l'aviation civile, à compter de la date d'entrée en vigueur des dispositions portant intégration de ce service au sein de cette direction.
Les modalités selon lesquelles la direction des services de la navigation aérienne et les services placés sous l'autorité du préfet de Saint-Pierre-et-Miquelon s'apportent mutuellement leur concours font l'objet d'une convention passée entre le directeur général de l'aviation civile et le préfet de Saint-Pierre-et-Miquelon.