Le ministre de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche, de la ruralité et de l'aménagement du territoire a autorité sur l'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche qui comprend, outre le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux, le haut fonctionnaire de défense et de sécurité et le bureau du cabinet qui sont directement rattachés au ministre :
― le secrétariat général ;
― la direction générale de l'alimentation ;
― la direction générale de l'enseignement et de la recherche ;
― la direction générale des politiques agricole, agroalimentaire et des territoires ;
― la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine de la pêche maritime et des cultures marines, il dispose de la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer et du secrétariat général de la mer.
Pour l'exercice de ses attributions en matière de commerce international, il peut faire appel à la direction générale du Trésor.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine des affaires rurales et en matière d'aménagement et de développement du territoire, il dispose de la délégation interministérielle à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale.
Il dispose, en tant que de besoin, de la direction générale des collectivités locales et de la direction générale de l'aménagement, du logement et de la nature en ce qui concerne l'aménagement durable des territoires.