Le montant mensuel de référence de l'indemnité spécifique de fonction est fixé, par grade, par arrêté des ministres chargés respectivement de l'intérieur, du budget et de la fonction publique.
Le montant individuel de l'indemnité spécifique de fonction est égal au produit du montant de référence et d'un coefficient de modulation compris entre 0,5 et 3, compte tenu de l'activité exercée et selon la manière de servir de l'agent. Il est attribué, à chaque sous-préfet hors cadre, par décision du ministre de l'intérieur.
L'indemnité spécifique de fonction des sous-préfets hors cadre est versée mensuellement.
Tout ou partie de l'indemnité attribuée au titre d'une année peut faire l'objet d'un versement exceptionnel pouvant intervenir une à deux fois par an et non reconductible automatiquement d'une année sur l'autre.