Le président du conseil scientifique est nommé par arrêté du ministre de la défense sur proposition du conseil scientifique pour une durée de trois ans renouvelable.
Associé aux choix majeurs de l'institut, il conseille l'équipe de direction, se prononce sur les grandes orientations de l'institut et participe à son rayonnement auprès de personnalités et d'institutions de haut niveau, nationales et internationales.