Le conseil scientifique exerce ses attributions conformément aux dispositions de l'article L. 712-5 du code de l'éducation.
Il est composé de quinze à vingt-cinq membres désignés par le ministre chargé de la mer, après avis du ministre chargé de la recherche, en raison de leurs compétences en matière de recherche dans les disciplines de l'école.
Il comprend notamment le commissaire général au développement durable du ministère chargé de la mer ou son représentant, le directeur de la recherche ou son représentant et les directeurs de laboratoires de recherche ou leurs représentants.
Le conseil élit en son sein son président.