Les comptes de l'Autorité sont établis selon les règles du plan comptable général. Celui-ci peut faire l'objet des adaptations nécessaires après approbation par le ministre chargé du budget et le ministre chargé des transports.
L'agent comptable établit un compte financier au terme de chaque exercice. Le compte financier comprend le compte de résultat, le bilan, l'annexe, la balance générale des comptes à la clôture de l'exercice, le tableau de rapprochement des prévisions et des réalisations effectives et, le cas échéant, la balance des comptes spéciaux.
Le compte financier est préparé par l'agent comptable. Il est arrêté par l'Autorité. Il est transmis à la Cour des comptes par le président de l'Autorité, accompagné des délibérations relatives au budget, à ses modifications et au compte financier et de tout autre document demandé par les ministres ou par la Cour dans les quatre mois qui suivent la clôture de l'exercice.