L'Autorité est dotée d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.
L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement, dans les conditions prévues à l'article 60 de la loi de finances pour 1963 n° 63-156 du 23 février 1963 et du décret n° 2008-228 du 5 mars 2008 relatif à la constatation et à l'apurement des débets des comptables publics et assimilés. Il est chargé de la tenue des comptabilités de l'Autorité, du recouvrement des droits et contributions mentionnés à l'article 21 de la loi n° 2009-1503 du 8 décembre 2009 susvisée, du paiement des dépenses et du maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilités.
Avec l'accord du président, l'agent comptable peut confier sous son contrôle la comptabilité analytique et la comptabilité matière aux services de l'Autorité.
L'agent comptable peut nommer des mandataires qui sont agréés par le président.