L'établissement est soumis au régime financier et comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif.
Le budget et le compte financier de l'établissement font l'objet d'une approbation par les ministres chargés de la mer, de la sécurité sociale et du budget, qui est réputée être accordée dans un délai d'un mois à compter de leur réception par ceux-ci.