Le directeur de l'établissement est nommé en conseil des ministres pour une durée de trois ans, sur le rapport des ministres chargés de la mer, de la sécurité sociale et du budget. Il est assisté d'un directeur adjoint, nommé pour une durée de trois ans par arrêté conjoint des ministres chargés de la mer, de la sécurité sociale et du budget qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Le directeur dirige l'établissement. A ce titre :
1° Il fixe les conditions d'organisation et de fonctionnement de l'établissement ;
2° Il est ordonnateur des recettes et dépenses de l'établissement ;
3° Il signe les contrats et conventions engageant l'établissement ;
4° Il est le représentant du pouvoir adjudicateur ;
5° Il recrute et gère le personnel. Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement ;
6° Il signe les concessions et les refus de pension ;
7° Il décide des actions en justice dans le cadre des orientations fixées par le conseil d'administration. Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile et peut ester en justice ;
8° Il dispose du pouvoir de transaction ;
9° Il propose l'ordre du jour des réunions du conseil d'administration, prépare ses délibérations et en assure l'exécution ;
10° Il rend compte au conseil d'administration de la mise en œuvre de la politique de l'établissement et des décisions qu'il a prises en vertu des délégations qui lui ont été confiées ;
11° Il peut, dans l'intervalle des séances du conseil, prendre, en accord avec l'autorité chargée du contrôle économique et financier, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni accroissement du niveau des effectifs du personnel permanent ou du montant total des dépenses ni réduction du montant total des recettes. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil lors de la première séance qui suit leur adoption ;
12° Il peut déléguer sa signature ainsi qu'une partie de ses pouvoirs au directeur adjoint et à d'autres agents de l'établissement.