Le président et le vice-président du conseil d'administration de l'établissement, choisis parmi les membres du conseil d'administration, sont nommés par décret, après avis des ministres chargés de la mer, de la sécurité sociale et du budget pour une période de trois ans renouvelable.
Les représentants du personnel sont désignés selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la mer parmi les organisations syndicales les plus représentatives de l'établissement.
Les membres du conseil d'administration siègent à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.