Les régisseurs sont nommés par le président de l'agence avec l'agrément de l'agent comptable. Ils sont recrutés parmi les agents de l'agence ayant le statut de fonctionnaire ou celui de contractuel ou celui d'agent de droit local, les agents de la direction générale du Trésor et de la politique économique ainsi que les agents de l'établissement public UBIFRANCE.
Les fonctions de régisseur d'avances et de régisseur de recettes peuvent être confiées à un même agent.