Le président-directeur général est nommé pour un mandat de cinq ans, renouvelable le cas échéant. Il désigne parmi les membres du collège des représentants de l'Etat un suppléant. Ce dernier préside les séances du conseil d'administration en cas d'empêchement du président-directeur général.
Dans le cadre des orientations et programmes arrêtés par le conseil d'administration, il est responsable de la politique générale de l'établissement. Il veille à l'accomplissement de ses missions et à la coordination de ses actions avec celles des organismes opérant dans son domaine de compétence.
Outre les attributions mentionnées à l'article 30 de la loi susvisée du 3 juin 2010, il conclut, sous réserve des autorisations nécessaires du conseil d'administration, les transactions, et passe tous les actes, contrats et marchés, sous réserve pour lui d'agir dans le cadre des programmes de l'établissement et dans la limite des crédits ouverts par ses budgets. Il rend compte au conseil de sa gestion.