S'il apparaît au contrôleur que la gestion de l'établissement remet en cause la soutenabilité de l'exécution budgétaire ou la couverture des charges obligatoires ou inéluctables, il en informe l'ordonnateur par écrit. L'ordonnateur lui fait connaître dans la même forme les mesures qu'il envisage de prendre pour y remédier.
Le contrôleur peut, en concertation avec l'ordonnateur et le cas échéant sur sa proposition ou sur celle du ministère de la défense, mettre en place un renforcement des contrôles pour une durée limitée. Il en rend compte au ministre chargé du budget.