Le contrôleur contribue, notamment en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels ces établissements sont susceptibles d'être confrontés. A cette fin, il s'appuie sur une analyse des facteurs explicatifs de la dépense et du coût des politiques publiques.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec chacun des directeurs des musées précités, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle des agents comptables concernés au titre du contrôle allégé partenarial.