L'internat d'excellence de Montpellier a pour mission d'offrir un projet pédagogique et éducatif global de formation, qui comprend l'accompagnement personnel de chaque élève, la construction progressive d'une orientation, l'apprentissage de deux langues vivantes étrangères, l'ouverture vers les entreprises et les partenariats avec le monde économique et social ainsi que la pratique sportive et culturelle. Il accueille en priorité des élèves volontaires qui ne bénéficient pas d'un environnement social favorable afin de les conduire au plus haut degré de réussite. Le recrutement des élèves est effectué par une commission dont la composition est fixée par le recteur d'académie. Cette commission fixera les critères de recrutement des futurs élèves qui devront être en cohérence avec le projet pédagogique global.
L'établissement, qui recourt à des méthodes innovantes, conduit des expérimentations. Il exerce une mission de formation continue.
Il dispose d'un service annexe d'hébergement.