Le Centre national de gestion comporte une direction générale, dirigée par un directeur général assisté d'un directeur général adjoint, et à laquelle se trouvent directement rattachés :
― un conseiller médical chargé de coordonner les études, travaux ou réflexions, le cas échéant avec l'appui de groupes d'experts, afin d'élaborer une stratégie générale pour l'accompagnement des praticiens hospitaliers tout au long de leur carrière dans une perspective de repositionnement ou de reconversion professionnelle. Il a également pour mission de définir et d'accompagner les modalités de reconversion ou de développement professionnel en tenant compte des besoins institutionnels, des besoins des professionnels et des évolutions techniques de leur environnement et des modes de prise en charge, pour optimiser leurs compétences ou leurs pratiques ;
― deux conseillers techniques respectivement chargés l'un du secrétariat du conseil d'administration et du comité technique paritaire central, du suivi de la législation relative aux établissements publics de santé, sociaux et médico-sociaux ainsi que de la mise en place du contrôle interne en lien avec la responsable de l'unité finances et l'autre de la formation interne des personnels du centre en lien avec le département des affaires générales et du suivi des réformes de l'Etat et de la fonction publique. Ces conseillers participent aux réflexions stratégiques et prospectives dans le domaine de la gestion et du développement des ressources humaines ;
― une cellule statistiques qui assure la programmation, la réalisation et l'exploitation des études et des statistiques relatives aux personnels gérés par le centre ainsi que les simulations prospectives relatives aux évolutions statutaires et financières, en liaison avec les départements concernés et des organismes extérieurs ;
― une cellule communication assure la communication interne et externe du Centre national de gestion et la coordination de sa participation aux principales manifestations organisées par les acteurs institutionnels et professionnels des établissements publics de santé, sociaux et médico-sociaux. Elle organise et coordonne le site intranet et internet en lien avec l'ensemble des structures du CNG et, en particulier, l'unité du système d'information.
Pour l'exercice de ses missions, le centre est en outre constitué de quatre départements respectivement chargés, sous l'autorité du directeur général, des affaires générales, des concours, des procédures d'autorisation d'exercice, de la mobilité et du développement professionnel, de la gestion des praticiens hospitaliers et de la gestion des directeurs de la fonction publique hospitalière (directeurs d'hôpital [DH], directeurs d'établissement sanitaire, social et médico-social [D 3S] et directeurs des soins).