L'agrément est accordé dans le cadre de la spécialisation géographique suivante :
Région Auvergne (Allier, Cantal, Haute-Loire et Puy-de-Dôme) ;
Région Limousin (Corrèze, Creuse et Haute-Vienne) ;
Région Rhône-Alpes (Ardèche, Loire et Rhône).
Le conservatoire botanique du Massif central assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du Massif central tel que défini par le décret n° 2004-69 du 16 janvier 2004 relatif à la délimitation des massifs.