La délivrance d'une licence donne lieu au versement d'une contrepartie financière annuelle par l'armement, selon des modalités fixées par arrêté du préfet de Mayotte, après avis du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la pêche maritime et du ministre chargé de l'outre-mer.
La contrepartie financière annuelle comprend une part fixe, qui doit être réglée avant la délivrance des licences, et une part variable.
La part fixe comprend un montant couvrant un poids forfaitaire de captures dans la zone économique de Mayotte. Elle peut également comprendre une redevance pour frais de surveillance et d'observation.
La part variable s'applique pour les captures au-delà d'un certain tonnage et doit être payée dans un délai de deux mois après la fin de la campagne et au plus tard le 1er novembre de l'année en cours.
Les captures accessoires, dont la comptabilité doit être tenue, font également l'objet d'une contrepartie financière.
Tout manquement des armements aux obligations du présent article entraîne la suspension immédiate de la licence par le préfet de Mayotte.