Les licences sont délivrées par décision du préfet de Mayotte après avis du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la pêche maritime et du ministre chargé de l'outre-mer.
Le préfet de Mayotte fixe, le cas échéant, le nombre de licences susceptibles d'être délivrées, en tenant compte notamment des capacités biologiques de la zone concernée. Il peut également fixer par arrêté une limite de capture par navire.
Lorsque le préfet de Mayotte attribue des quotas de pêche en fonction des totaux admissibles de captures prévus à l'article 8 du présent décret, il délivre aux armateurs qui en font la demande, pour chacun des navires, une licence qui est attribuée dans la limite du quota disponible.
Les informations qui doivent être communiquées par l'armement lors de la demande de licence ainsi que la procédure de délivrance sont définies par arrêté du préfet de Mayotte, après avis du ministre des affaires étrangères, du ministre chargé de la pêche maritime et du ministre chargé de l'outre-mer.
Chaque licence détermine, en particulier, la période et les zones de pêche autorisées, les espèces ou groupes d'espèces concernés et les engins de pêche autorisés.
Un navire détenteur d'une licence doit, pour pouvoir pêcher, se conformer à la réglementation applicable, aux prescriptions techniques annexées à la licence et aux mesures de conservation ou de gestion applicables adoptées par une organisation régionale de gestion des pêches compétente.
Ces prescriptions techniques fixent notamment les modalités :
― de déclaration des captures des espèces principalement ciblées et des prises accessoires ;
― d'atténuation des captures accidentelles d'oiseaux, de reptiles et de mammifères marins ;
― d'interdiction de rejet en mer d'objets en matière non dégradable ;
― de déclaration d'entrée et de sortie de la zone économique de Mayotte ;
― d'identification et de suivi par tout moyen des navires autorisés ;
― d'embarquement ou de transfert et d'accueil d'un contrôleur de pêche ou d'un observateur scientifique.