Le chef du CEIGIPEF est désigné par arrêté conjoint du ministre chargé du développement durable et du ministre chargé de l'agriculture. Il est assisté d'un adjoint nommé dans les mêmes conditions.
Le chef du centre a autorité sur les personnels du service à compétence nationale.
Les moyens de fonctionnement et les effectifs de ce service sont fixés par les ministres chargés du développement durable et de l'agriculture dans le cadre d'une convention.