Le CEIGIPEF est chargé de la gestion administrative des membres du corps des ingénieurs, des ponts, des eaux et des forêts et de la paye de ceux de ces membres rémunérés sur le budget du ministère de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de la mer, en charge des technologies vertes et des négociations sur le climat, du ministère de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche et, le cas échéant, de certains établissements publics et d'autres ministères dans le cadre d'une délégation de gestion. Il assure l'organisation et le secrétariat de la commission administrative paritaire du corps des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts.
Il assure une réponse coordonnée aux deux ministères dont il relève sur les questions intéressant le corps des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, et notamment les recrutements, la formation des élèves et des ingénieurs recrutés dans le corps des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, et la préparation des tableaux de promotion. Il mène à la demande des deux ministres chargés du développement durable et de l'agriculture, toute action nécessitant leur intervention commune dans le cadre de la gestion des agents, membres de ce corps.
Il produit l'ensemble des informations relatives à la gestion et au suivi du corps, notamment pour l'élaboration et l'exécution du budget des ministères, et pour la gestion prévisionnelle des emplois et des compétences de leur encadrement.
Il est également chargé d'assister les directions d'administration centrale des deux ministères pour l'élaboration des projets de texte relatifs au corps des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts.